Trong lịch sử Kitô giáo, ngoài các vụ chia rẽ có ngày từ hồi thế kỷ thứ IV cuộc ly khai lớn nhất đầu tiên xảy ra ngày 16 tháng 7 năm 1054, khi Giáo Hội Tây Phuơng và Giáo Hội Đông Phương ra vạ tuyệt thông cho nhau Tây và biến thành Giáo Hội Công  Giáo và Giáo Hội Chính Thống. Sau đó các biến cố chính trị lịch sử như vụ các  thập tự quân công giáo cuộc viễn chinh lần thứ tư đánh chiếm thành Costantinopoli, cướp bóc và tàn sát các kitô hữu chính thống năm 1204, biến cố Costantinopoli rơi vào tay quân hồi của đế quốc Ottoman Thổ Nhĩ Kỳ năm 1453 và chế độ cộng sản Liên Xô thống trị Nga từ năm 1917 và các nước Đông Âu từ năm 1944, đã khiến cho Giáo Hội Công Giáo và Giáo Hội Chính Thống ngày càng xa nhau. Phải đợi cho tới sau Công Đồng Chung Vaticăng II tình hình mới được cải tiến với phong  trào đối thoại đại kết.

Cuộc ly khai lớn thứ hai xảy ra hơn bốn thế kỷ sau vào năm 1517 với Phong trào phản đối hay cải cách do Martin  Luther khởi xướng làm nảy sinh ra các Giáo Hội Tin Lành hay Giáo Hội Cải Cách.  Martin Luther là một linh mục dòng Augustino, người Đức, giáo sư tại phân khoa thần học Wittenberg.

Trong các năm từ 1510 tới 1520 Martin Luther dậy Thánh Kinh: các Thánh Vịnh, các thư gửi thánh Phaolô các giáo đoàn Do thái, Roma và Galát. Giáo sư xác tín rằng Giáo Hội thối nát trong các đường lối của mình và đã đánh mất đi nhiều chân lý chính của Kitô giáo. Điều quan trọng nhất là việc công chính hóa. Tín hữu chỉ được công chính hóa nhờ đức tin và ơn thánh Chúa ban, chứ không do công nghiệp của mình. Công chính hóa hoàn toàn là công trình của Thiên Chúa. Kitô hữu nhận được sự công chính hoàn toàn từ bên ngoài; sự công chính không chỉ đến từ Chúa Kitô, nhưng là sự công chính của Chúa Kitô được gán cho kitô hữu qua đức tin. Do đó, chỉ có đức tin mới khiến cho tín hữu được trở nên công chính và chu toàn luật lệ. Điểm đầu tiên và chính yếu đó là Đức Giêsu Kitô là Thiên Chúa và là Chúa đã chết cho tội lỗi chúng ta, và đã sống lại cho sự công chính hoá của chúng ta (Rm 3,24-25). Chỉ có Ngài là Chiên Con Thiên Chúa, Đấng xoá tội trần gian (Ga 1,29) và Thiên  Chúa đã chất lên Ngài tội ác của chúng ta (Is 53,6). Tất cả mọi người đều đã phạm tội và được nên công chính một cách tự do, mà không có các công việc làm và công nghiệp của mình, nhưng bởi ơn thánh Chúa, qua ơn cứu độ nơi Chúa Kitô Giêsu, trong Máu Ngài (Rm 3,23-25). Đây là điều phải tin. Nó không được chiếm hữu hay giật lấy được bởi bất cứ công việc, luật lệ hay công nghiệp nào. Vì thế thật rõ ràng và chắc chắn là chỉ niềm tin này khiến cho chúng ta nên công chính. Việc tái khám phá ra Chúa Kitô và ơn cứu độ của Ngài là điểm đầu tiên trong hai điểm trở thành nền tảng của sự Cải Cách cùng với Thánh Kinh và chỉ có Thánh Kinh. Martin Luther dựa trên điều này để chửi rủa chống lại việc buôn bán ân xá trong Giáo Hội Công Giáo thời đó.

Martin Luther khước từ nhiều giáo huấn và thực hành của Giáo Hội Công Giáo thời Muộn Trung Cổ. Ông tin rằng sự cứu rỗi đời sau là ơn Thiên Chúa ban nhưng không cho tín hữu qua niềm tin vào Chúa Giêsu Kitô, là Đấng cứu loài người khỏi tội lỗi, chứ không do các việc làm hay công nghiệp của con người. Thần học của Martin Luther cũng thách thức quyền bính và chức vụ của Đức Giáo Hoàng, bằng cách khẳng định rằng chỉ có Thánh Kinh là nguồn gốc duy nhất của sự hiểu biết được Thiên Chúa mạc khải. Ông cũng chống lại khuynh hướng duy giáo sĩ, bằng cách khẳng định chức linh mục thánh của tất cả mọi kitô hữu.

Lý cớ cho các phản đối gay gắt của Martin Luther là vụ Johann Tetzel, tu sĩ dòng Đa Minh và là uỷ viên giáo hoàng đặc trách việc ban các ân xá, được gửi sang Đức để bán các ân xá nhằm lấy tiền xây cất đền thờ thánh Phêrô tại Roma. Thần học công giáo Roma tuyên bố rằng đức tin không thôi không thể khiến cho con người được công chính; việc công chính hóa chỉ tuỳ thuộc đức tin tích cực được thể hiện trong tình bác ái và các việc làm tốt. Các lợi ích của việc làm tốt có thể có được bằng cách dâng cúng tiền bạc cho Giáo Hội. Martin Luther không tin tiền bạc có thể giải thoát con người khỏi bị Thiên Chúa trừng phạt vì tội lỗi. Ông đề nghị một cuộc thảo luận về quyền năng và sự vô ích của các ân xá trong Luận thuyết 95 điểm công bố năm 1517. Ngày 31 tháng 10 năm 1517 Luther viết thư cho ĐC Albrecht, Tổng giám mục Mainz và Magdeburg, phản đối việc bán các ân xá, kèm theo một bản “Tranh luận của Martin Luther về quyền lực và hiệu qủa các ân xá”, được biết tới như 95 luận thuyết. Các luận thuyết này không có ý đối đầu với Giáo Hội, nhưng chỉ như là một tranh luận chống lại các thực hành trong Giáo Hội thời đó với giọng điệu tìm hiểu hơn là giáo thuyết. Tuy nhiên, cũng có nhiều luận thuyết có giọng điệu thách thức chẳng hạn luận thuyết 86 hỏi: “Tại sao Đức Giáo Hoàng có của cải giầu sang lớn hơn người giầu nhất là ông Crassus, lại xây vương cung thánh đường thánh Phêrô với tiền của người nghèo thay vì với tiền của chính mình?”.

Martin Luther phản bác câu nói thái quá được gán cho tu sĩ Johann Tetzel: “Vừa khi đồng tiền kêu vang trong hòm quyên, là linh hồn trong luyện ngục nhảy lên thiên đàng”. Ông nhấn mạnh rằng vì chỉ có Thiên Chúa mới có quyền tha tội, những người yêu sách rằng các ân xá tha mọi hình phạt cho những người mua và ban cho họ ơn cứu rỗi là sai lầm. Kitô hữu không được nới lỏng việc theo Chúa Kitô vì các bảo đảm giả đối ấy.

ĐC Albrecht đã không trả lời thư  chứa đựng 95 luận thuyết của Martin Luther, nhưng duyệt xét và coi chúng là lạc giáo, rồi vào tháng 12 năm 1517 gửi chúng về Roma. Lý do là vì ĐC cần tiền từ việc bán ân xá để thanh toán cho xong việc Đức Giáo Hoàng cho phép Ngài chiếm hưởng lợi tức của hơn một giáo phận. Đức Giáo Hoàng cũng nhúng tay vào vụ này, vì phân nửa số tiền bán ân xá được gửi về xây đền thờ thánh Phêrô.

Chưa tới tháng giêng năm 1518 bạn hữu của Luther đã dịch 95 luận thuyết ra tiếng Đức, cho in và phân phát khắp nơi khiến cho cuộc tranh luận trở thành nổi tiếng hàng đầu thời đó. Chỉ trong vòng hai tuần tài liệu được phổ biến khắp nước Đức, và trong vòng hai tháng nó đã lan sang toàn Âu châu, tới Pháp, Anh và Italia đầu năm 1519. Các sinh viên tuốn đến Wittenberg để nghe Luther giảng dậy. Luther cho in cuốn chú giải thư gửi giáo đoàn Galát, và Các Thánh Vinh. Và năm 1520 cho in ba tác phẩm nổi tiếng nhất: “Cho giới quyền quý kitô của quốc gia Đức”; “Về tình trạng bị giam cầm bên Babilonia của Giáo Hội”; “Về sự tự do của kitô hữu.”

Trong ba năm trời Đức Giáo Hoàng Leo X huy động hàng loạt các thần học gia giáo hoàng và các phái viên chống lại Luther. Trước hết thần học gia dòng Đa Minh Sylvester Mazzolini soạn bản phúc thảo trường hợp lạc giáo chống lại Luther, mà Đức Leo X cho gọi về Roma. Nhưng hoàng tử Frederick III vùng Sassonia thuyết phục ĐGH cho điều tra Luther tại Augsburg, là nơi hoàng đế họp hội nghị. Tháng 10 năm 1518 tại Augsburg trong vụ hỏi cung của ĐHY Cajetan đặc sứ của ĐGH, Luther tuyên bố ông không coi chức Giáo Hoàng là phần của Giáo Hội trong Thánh Kinh, bởi vì giải thích lịch sử của lời tiên tri trong Thánh Kinh kết luận rằng chức Giáo Hoàng là Phản Kitô. Thế là các lời tiên tri liên quan tởi tên Phản Kitô trở thành trung tâm các cuộc tranh cãi. Cuộc khảo cung biến thành cuộc đấu la hét giữa hai bên. Việc đối đầu với Giáo Hội khiến Luther trở thành kẻ thù của Giáo Hoàng. Ban đầu ĐHY Cajetan ra lệnh bắt giữ, nếu Luther không công khai thu hồi các ý kiến của ông. Nhưng ban đêm Luther trốn khỏi thành Augsburg. Tháng giêng năm 1519 tại Altenburg vùng Sassonia Đức Sứ Thần Toà Thánh Karl von Miltitz áp dụng phương pháp hòa dịu hơn,  Luther đồng ý vài nhượng bộ vì ĐHY có bà con với hoàng tử Frederick, đồng thời hứa sẽ im lặng, nếu phiá chống đối cũng thinh lặng. Tuy nhiên, thần học gia Joahann Eck nhất định đưa giáo thuyết của Luther ra diễn đàn công khai. Tháng 6 năm 1519 Johann Eck tổ chức cuộc tranh luận với Andreas Karlstadt, bạn của Luther, tại Leipzig và mời Luther lên tiếng. Khẳng định táo bạo nhất của Luther trong cuộc tranh luận đó là văn bản Phúc Âm thánh Mátthêu chương 16 câu 18 không ban cho các Giáo Hoàng quyền giải thích Thánh Kinh và vì thế các Giáo Hoàng cũng như các Công Đồng của Giáo Hội cũng sai lầm. Thần học gia Eck coi Luther là một người lạc giáo, và từ đó nhất quyết đánh hạ Luther.

Ngày 15 tháng 6 năm 1520 ĐGH Leo X công bố sắc chỉ “Exsurge Domine” cảnh cáo ra vạ tuyệt thông, nếu Luther không thu hồi 41 khẳng định khỏi các bút tích của mình, bao gồm cả 95 luận thuyết, nội trong vòng 60 ngày. Mùa thu năm ấy Johann Eck công bố sắc chỉ tại Meissen và các thành phố khác bên Đức. Đức Sứ Thần Karl von Miltitz thử làm môi giới cho một giải pháp, nhưng ngày mùng 10 tháng 12 năm 1520 Luther công khai đốt sắc chỉ và các sắc lệnh khác của ĐGH tại Wittenberg. Trước đó vào tháng 10 Luther đã gửi cho ĐGH một ấn bản cuốn “Về sự tự do của Kitô hữu”. Hậu quả là ngày mùng 3 tháng giêng năm 1521 ĐGH Leo X công bố sắc chỉ “Decet Romanum Pontificem” ra vạ tuyệt thông cho Luther.

Nội vụ cũng được đưa ra trước chính quyền đời. Ngày 18 tháng 4 năm 1521 Luther được lệnh trình diện trước Hội nghị của Đế quốc thánh Roma, do hoàng đế Carlo V triệu tập và chủ sự tại thành phố Worms trên sông Rhein trong các ngày từ 28 tháng giêng cho tới 25 tháng ba năm 1521. Johann Eck đại diện cho Đế quốc lên tiếng như phụ tá của ĐTGM Trier giới thiệu Luther với các bản bút tích của Luther trên bàn, và hỏi đây có phải là các sách vở tài liệu của ông không, và ông có bênh vực các nội dung của chúng không. Luther nhận đó là các tác phẩm của mình, nhưng xin có thời gian suy nghĩ  để trả lời câu hỏi thứ hai. Sau khi cầu nguyện và thăm dò ý kiến của bạn bè, ngày hôm sau Luther trả lời: “Trừ phi tôi xác tín bởi chứng tá của Thánh Kinh hay bởi lý trí rõ ràng, vì tôi không tin tưởng nơi Giáo Hoàng cũng như các công đồng, bởi như đã biết rõ là họ thường sai lầm và mâu thuẫn, tôi bị bó buộc bởi Thánh Kinh tôi đã trích dẫn và lương tâm tôi bị Lời Chúa bắt giữ. Tôi không thể và không muốn thu hồi bất cứ điều gì, vì chống lại lương tâm thì không thận trọng và không đúng. Xin  Chúa giúp tôi. Amen.”

Trong hơn năm ngày sau đó đã có các cuộc họp để định đoạt số phận của Luther. Hoàng đế Carlo V đưa ra văn bản chung kết  Chỉ dụ Worms ngày 25 tháng 5 năm 1521, tuyên bố Luther ngoài vòng pháp luật, cấm các bút tích của ông, và ra lệnh bắt giữ Luther. “Chúng tôi muốn bắt và trừng phạt ông như là kẻ lạc giáo mà ai cũng biết”. Tất cả những ai cho đồ ăn thức uống hay chứa chấp Luther là một tội phạm, và ai giết Luther thì không bị luật pháp trừng trị.

Hoàng tử Frederick dàn xếp để Luther biến mất như thể bị bắt cóc và đưa ông  tới ẩn náu tại Wartburg. Tại đây Luther dịch Thánh Kinh Tân Ước ra tiếng Đức. Từ đó Luther viết nhiều khảo luận chỉ trích việc kiếm tìm các ân xá và đi hành hương cũng như nhiều điểm giáo lý: như tư tưởng coi thánh lễ là hiến tế là tôn thờ ngẫu tượng; khước từ việc bắt buộc xưng tội, khuyến khích việc xưng tội và giải tội riêng tư, vì mọi kitô hữu đều là người giải tội; các đan sĩ và tu sĩ có thể bẻ gẫy lời khấn mà không có tội gì, vì các lời khấn là bất hợp pháp và là cố gắng vô ích để được cứu rỗi; tên Phản kitô là quyền bính giáo hoàng vv…

Bạn của Luther Andrreas Karkstadt được một cựu tu sĩ Agostino là Gabriel Zwilling khởi xướng một phong trào cải cách triệt để, quá khích,  vượt quá mọi dự tính của Luther. Nó làm nảy sinh ra các vụ lộn xộn, bao gồm cả vụ nổi loạn của các tu sĩ dòng thánh Agostino Augsburg chống lại tu viện trưởng, đập phá các tượng ảnh trong các nhà thờ, và tố cáo các quan tòa…

Năm 1525 Luther lấy Katharna von Bora, một trong số 12 nữ tu Xitô thuộc tu viện Nimbschen, mà ông đã giúp trốn khỏi tu viện năm 1523. Trong các năm 1525-1529 Luther thiết lập và củng cố các cơ cấu của Giáo Hội  mới, viết sách giáo lý nhỏ cho tín hữu, sách giáo lý lớn cho các mục sư, sáng tác thánh nhạc… Giáo Hội Tin Lành, hay Giáo Hội Cải Cách nảy sinh từ đó, lan nhanh tại Đức và nhiều nước Âu châu trong đó có Thụy sĩ với các hoạt động của Calvin và Zwingli.

Sau đây là các nét chính yếu của Giáo Hội Tin lành hay Cải cách. Thứ nhất, các điểm tham chiếu là: sự công chính hoá của đức tin, chỉ cần đức tin là đủ cho ơn cứu rỗi; chỉ có Thánh Kinh. Vì thế Giáo Hội Tin Lành khước từ quyền của Đức Giáo Hoàng. Mỗi người có thể đọc và giải thích Thánh Kinh. Thứ hai, không có hàng giáo sĩ, chỉ có các hướng dẫn viên tinh thần gọi là các mục sư. Thứ ba, chỉ có hai bí tích: Rửa Tội và Thánh Thể. Tuy Luther vẫn tin vào sự hiện diện thật của Chúa Giêsu trong bí tích, nhưng các đồ đệ của ông không tin. Thánh lễ chỉ là lễ nghi tưởng niệm bữa tiệc chiều của Chúa, bánh và rượu được làm phép  không phải là Mình và Máu Chúa Kitô, nhưng chỉ là bánh và rượu thôi. Thứ tư, lễ nghi phụng vụ Chúa Nhật dựa trên các bài đọc thánh kinh được mục sư giải thích. Thứ năm, các tín hữu tin lành cũng tuyên xưng đức tin với Kinh Tin Kính. Thứ sáu, họ không tôn sùng Đức Maria và không coi Đức Maria là mẹ Thiên Chúa. Họ cũng không sùng kính các Thánh và trong các nhà thờ tin lành không có các ảnh tượng.

Hiện nay Giáo Hội Tin Lành chia thành nhiều nhánh khác nhau và bao gồm hàng ngàn giáo phái tự trị.

HĐGM Đức và vấn để rước lễ của người phối ngẫu tin lành